Пустозерск — старейший город Русского Севера. Основанный в 1499 г., он играл в XVI—XVII вв. роль крупного административного, промыслового и культурного центра Печорского края и одновременно служил местом ссылки. Сюда были сосланы видный дипломат Артамон Матвеев, фаворит царевны Софьи князь В.В. Голицын. Около 15 лет провел в Пустозерске в земляной тюрьме протопоп Аввакум. Здесь он написал большую часть своих произведений, в том числе и знаменитое «Житие», а в 1682 г. «за великия на царский дом хулы» Аввакум был публично сожжен. Из Пустозерска в 1736 г. отправился на реку Обь отряд Великой северной экспедиции во главе с С.Г. Малыгиным.
С середины XVIII в. город начал хиреть, его административные функции перешли к Мезени. Постепенно он превратился в сельское поселение, в котором по переписи 1897 г. числилось 130 жителей. Полвека назад здесь было три дома, а затем от Пустозерска осталось только одно кладбище. Почетный член Русского географического общества и почетный гражданин города Архангельска, патриот Севера Ксения Петровна Гемп посвятила Пустозерску одну из своих работ.